Sepanjang karirnya sebagai insinyur sipil dan ahli struktur beton, proyek pembangunan Masjid Istiqlal memang punya tempat tersendiri bagi Sidjabat. Itu lah proyek besar pertama yang digarap oleh pemuda Sidjabat setelah lulus dari jurusan Teknik Sipil Institut Teknologi Bandung pada 1962. Selama sepuluh tahun, dari 1962 hingga meninggalkan Istiqlal pada 1972 lantaran melanjutkan sekolah, dia bekerja siang malam untuk proyek tersebut.
"Setiap kali melintas di depan Masjid Istiqlal, saya perlambat laju kendaraan saya dan menoleh. Kutunjuk kubahnya sambil berujar bangga, 'Itu adalah buah pikiran dan karya abangku, anak Opa Rusti Sidjabat dari Desa Tomok'," kata Nesti Sidjabat, adik kandung H.R. Sidjabat. Friedrich Silaban memang yang jadi arsitek Masjid Istiqlal, namun saat pembangunannya, butuh insinyur-insinyur teknik sipil seperti Prof. Roosseno Soerjohadikoesoemo, H.R. Sidjabat, juga Johan Hasiholan Simanjuntak.
Saat Istiqlal dan sejumlah proyek besar di Jakarta mulai dibangun, Presiden Sukarno meminta Roosseno menjadi pengawasnya. Roosseno pernah menjabat beberapa posisi menteri pada 1950-an dan guru besar Teknik Sipil di almamaternya, Institut Teknologi Bandung (ITB). Bukan cuma itu, Bung Karno kenal sangat baik Roosseno, adik kelasnya di ITB. Mereka pernah bersama mendirikan kantor konsultan di Bandung pada 1930-an. Sidjabat dan Simanjuntak adalah murid-murid terpandai Roosseno di ITB.
Saat Roosseno memintanya bergabung dengan proyek Istiqlal pada 1962, menurut Sonya Marintan Sidjabat, putri kedua H.R. Sidjabat, sebenarnya ayahnya sudah bekerja di Kementerian Pekerjaan Umum. H.R. Sidjabat ditugaskan sebagai Kepala Cabang Perusahaan Negara Indah Karya di Jakarta. Kedua orang ini, Roosseno dan ayahnya, kata Merry Pinta Sidjabat, anak keempat Reguel Sidjabat, memang sangat cocok. Sama-sama pintar dan sama-sama pekerja keras. "Ayah saya kalau menghitung cepat sekali. Saya, anaknya, susah sekali mengikuti," dia menuturkan diiringi tawanya berderai, pekan lalu. Di proyek pembangunan Masjid Istiqlal, H.R. Sidjabat ditunjuk sebagai Direktur Teknis.